La visita al museo comienza en el Centro Temático de la Tolerancia, donde, a través de la repetición de imágenes, se invita al visitante a reflexionar, sin circunscribirlo a época alguna concreta, sobre asuntos tan relevantes como los juicios de valor, los abusos del poder y la indefensión a la que se enfrentan las víctimas.

Descendemos después a la planta inferior, donde se encuentran los restos arqueológicos de la fortaleza, donde contemplaremos lo que el paso del tiempo ha conservado de las murallas y la barbacana. El espacio cuenta con paneles explicativos sobre la historia del lugar y las actividades que allí se llevaban a cabo. También se conservan restos de las cuadras donde guardaban las caballerías, con cinco puestos de amarre y un pilón donde bebían los animales. Enfrente de estas, estaba la Casa del Portero, un oficial menor que hacia la veces de vigilante.

Seguimos nuestro recorrido, antes de regresar a nuestro apartamento con encanto en Sevilla, por la pasarela sobre la que recorremos las huellas de aquel tiempo y nos asomamos a las Casas del Nuncio, o delegado del Papa, y del Notario. Se trata de dos viviendas adosadas, dando la fachada de una hacia el interior de la fortaleza y la de la otra, hacía el río. El camino nos lleva después al espacio que ocupó una Sala de Audiencias Secundarias para asistir, a través de un documento audiovisual, a un proceso de la Inquisición en el que una persona es falsamente acusada y, tras pasar tiempo en los calabozos del Castillo, es condenada a la hoguera.

Los siguientes restos son los de la Capilla de San Jorge, donde los inquisidores celebran la misa y de la que se han conservado restos del pórtico exterior y parte la nave, con la base del altar y la sacristia; un muro tras el que se encontraban las cárceles bajas; y la Casa del Primer Inquisidor, donde se aprecian la cocina y el pozo, y cuya bodega abovedada podemos visitar. De las calles existentes en el interior de la fortaleza, que nacían en las tres entradas con que contaba el recinto y confluían en su centro, se conserva el empedrado, similar al que debió existir en las calles de la Sevilla de aquellos siglos. La salida del museo nos indica el camino de regreso a nuestro alojamiento para toda la familia en Sevilla.